El clorhidrato de berberina se usa principalmente para el tratamiento de gastroenteritis, disentería bacteriana y otras infecciones intestinales, conjuntivitis, otitis media supurativa y otras sustancias eficaces. También se ha encontrado que bloquea los receptores alfa y previene la arritmia. Tiene efectos inhibitorios sobre Shigella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Salmonella typhi y Amoeba. Clínicamente, se utiliza principalmente para infecciones intestinales y disentería bacilar. Recientemente, también se ha encontrado que este producto tiene efectos antiarrítmicos. La bereberina tiene una fuerte actividad antitumoral in vitro e in vivo y puede inducir la diferenciación de las células B16; tiene un efecto sinérgico con el clorhidrato de citarabina in vitro para el tratamiento de infecciones intestinales, disentería ocular y otras infecciones intestinales, conjuntivitis, otitis media supurativa es eficaz.